Основне активности Министарства у процесу европских интеграција су:
- периодично извјештавање и праћење реализације Прилога институција БиХ за редовни годишњи Извјештај за БиХ у процесу европских интеграција;
- превођење ацqуис-а у дијелу из надлежности Министарства;
- послови који се односе на инструменте и програме помоћи Европске уније (ИПА, ТАИЕX);
- израда инструмената усклађености правних прописа из надлежности Министарства са ацqуис-ем;
- учешће у раду пододбора (радних тијела за спровођење ССП-а);
- учешће у раду радних група за европске интеграције;
- активности везане за припрему одговора на питања из Упитника ЕК за чију припрему је Министарство идентификовано као надлежна институција;
- остале активности везане за процес европских интеграција.